V dávných dobách v okolí zdejšího kostela byly pastviny. V literatuře je uvedeno, že přibližně ve 14. století zde byla pro potřebu pastýřů postavena kaple, zasvěcená sv. Michalovi.
Tento barokní kostel byl postaven v letech 1724 – 1726. Kostel nechal na své náklady postavit JUDr. Václav Neumann z Pucholze. Kostel byl původně zasvěcen Čtrnácti sv. pomocníkům a bl. Panně Marii pomocné. Z jakého důvodu došlo k přejmenování, nevíme.
Z tohoto kostela pochází slavná Michelská Madona, která je součástí sbírek Anežského kláštera. V roce 1856 věnovala zdejšímu kostelu Obec michelská kříž, který je u kostela.
V letech 1916 – 1918 na zdejší faře žil a působil jako katecheta Josef Beran, budoucí arcibiskup a kardinál, který je pochován v bazilice sv. Petra v Římě.
V kostele je zvon slavného českého zvonařského roku Manoušků. Je z roku 1970 s citací „Svatý Jene Nepomucký oroduj za nás“.
Nesmíme také zapomenout na tragické události konce druhé světové války. Citace z farní kroniky: „ 9. května 1945 prostřílena farní budova, zvon, domy hoří, 53 obětí přeneseno do kostela a s dalšími pohřbeno vedle kostela“.
Kříž se skupinkou krásně rostlých lipa a malebný kostelík v kontrastu s obrovskými skleněnými budovami vytváří podivuhodný architektonický dojem.